Ελευθερία Πολυχρονίδου

Τίτλος εκπονούμενης διατριβής:

Βιοπληροφορική ανάλυση των πρωτοταγών και τεταρτοταγών δομών των πρωτεινών με στόχο τη θεμελιώδη κατανόηση των οντογενετικών τους σχέσεων.

Τριμελής συμβουλευτική επιτροπή:

Παναγιώτης Βλάμος (επιβλέπων)

Περίληψη:

Η έννοια της μοριακής ομοιότητας βασίζεται σε μια μεθοδολογία όπου τα μόρια ομαδοποιούνται με βάση τα βιολογικά τους αποτελέσματα, τις φυσικοχημικές ιδιότητες και τις τρισδιάστατες δομές. Με βάση τα παραπάνω,διεξήχθη μια εις βάθος ανάλυση ανοσοπληροφορικής των πρωτοταγών και τριτοταγών δομών κλωνοτυπικής ανοσοσφαιρίνης που περοέρχονται από Β-λεμφοπολλαπλασιασμούς, με στόχο την κατανόηση αυτών δύνοντας ιδιαίτερη έμφαση στις οντογενετικές τους σχέσεις. Όσον αφορά τις πρωτοταγείς δομές των αλληλουχιών, πιθανοτικές μέθοδοι εξετάστηκαν με στόχο την ανακάλυψη μοτίβων που υποδηλώνουν διαφορετικούς και σύνθετους μηχανισμούς. Το αποτέλεσμα της μεθόδου οδήγησε σε ομάδες πρωτεϊνών οι οποίες υποδηλώνουν σημαντικές ομοιότητες. Όσον αφορά τη μελέτη της τρισδιάστατη (3D) πρωτεϊνική δομή, μια καινοτόμα μέθοδος προτείνεται. Η μέθοδος συνδυάζει τεχνικές από τις περιοχές της βιοπληροφορικής, της αναγνώρισης τρισδιάστατων αντικειμένων και της μηχανικής μάθησης. Η διαδικασία ομαδοποίησης βασίστηκε στην εξαγωγή περιγραφικών δεικτών, που κωδικοποιούν διάφορες ιδιότητες της συνολικής γεωμετρικής δομής. Οι περιγραφικοί δείκτες εξάγονται από ευθυγραμμισμένα ζεύγη πρωτεϊνών. Ένας συνδυασμός επιμέρους περιγραφικών δεικτών χρησιμοποιείται επίσης ως πρόσθετη μέθοδος. Η σύγκριση των ομάδων που δημιουργήθηκαν από την αυτοματοποιημένη διαδικασία παρουσιάζουν μεγάλη ομοιότητα σε σχέση με τις ομάδες που συστάθηκαν βάση της παραπάνω μεθόδου (πρωτοταγής ομαδοποίησης). Αρκετές μέθοδοι απεικόνισης πληροφοριών (λογότυπα αλληλουχίας, απεικονίσεις βασισμένες σε γραφήματα κ.λπ.) χρησιμοποιήθηκαν για την καθοδήγηση της ερευνητικής μεθοδολογίας και την ανάλυση/ερμηνεία μεγάλου όγκου δεδομένων.