Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στις «Ψηφιακές Εφαρμογές και την Καινοτομία» του Τμήματος Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστήμιου έχει ως στόχους τη διεύρυνση των επιστημονικών δεξιοτήτων των φοιτητών σε σύγχρονες μεθοδολογίες και τεχνολογίες αξιοποίησης καινοτόμων εφαρμογών πληροφορικής και στη διαχείριση της καινοτομίας και της ηλεκτρονικής επιχειρηματικότητας. Το ΠΜΣ καλύπτει ένα ευρύ πεδίο γνωστικών αντικειμένων σε τομείς όπως η αναλυτική μεγάλων δεδομένων, το κινητό υπολογίζειν, η προβολή του τουριστικού και πολιτιστικού προϊόντος μέσω σύγχρονων ψηφιακών μέσων, η βιοιατρική, η ρομποτική, η καινοτομία και επιχειρηματικότητα στην ψηφιακή οικονομία και οι εφαρμογές και πολιτικές ασφάλειας και ιδιωτικότητας στο διαδίκτυο. Το ΠΜΣ διαρκεί ένα έτος και είναι εφικτή η εξ’αποστάσεως παρακολούθηση του 50% των θεωρητικών διαλέξεων μέσω σύγχρονων εργαλείων τηλε-εκπαίδευσης. Για την απόκτηση του μεταπτυχιακού διπλώματος, οι φοιτητές προβλέπεται να εκπονήσουν ατομική εργασία εμπειρικής έρευνας στην οποία θα εφαρμόσουν τα μεθοδολογικά εργαλεία που διδάχθηκαν σε πρακτικό περιβάλλον.