Στο πλαίσιο της χρηματοδότησης εκπονήθηκε από την κα Αντιγόνη Αβραμούλη η διατριβή "Μοντελοποίηση και προσομοίωση των μηχανισμών αναδίπλωσης πρωτεινών και πρωτεόστασης"

Το πρόβλημα της αναδίπλωσης των πρωτεϊνών είναι ένα από τα πολλά άλυτα στη βιοχημεία και έχει αναγνωριστεί ως ένα από τα πιο κρίσιμα να απαντηθούν, ειδικά επειδή η περίπλοκη δομή μίας πρωτεΐνης καθιστά δύσκολη την πρόβλεψη των σωστών μοτίβων αναδίπλωσης. Με την αναγνώριση αρκετών ασθενειών ως διαταραχών αναδίπλωσης πρωτεϊνών, την έκρηξη πληροφοριών του γονιδιώματος και την ανάγκη για αποτελεσματικούς τρόπους πρόβλεψης της δομής των πρωτεϊνών, η αναδίπλωση πρωτεϊνών έχει προβληθεί ως θεμελιώδες ζήτημα στην έρευνα των μοριακών επιστημών. Καθώς η λειτουργικότητα των πρωτεϊνών μπορεί να επηρεαστεί από μεταλλάξεις, η μελέτη πιθανών αλλαγών στην τριτοταγή δομή των πρωτεϊνών μπορεί να αποκαλύψει τις σχέσεις μεταξύ των μεταλλάξεων και της λειτουργίας μιας πρωτεΐνης. Χρησιμοποιώντας προσομοιώσεις πρωτεϊνών, μάθαμε ότι οι πρωτεΐνες είναι εξαιρετικά δυναμικές και χωρίς συνδέτη, αποκτούν πολυάριθμες τρισδιάσστατες δομές, ανοιχτές και κλειστές, που σταθεροποιούνται επιλεκτικά με τη δέσμευση αγωνιστών και ανταγωνιστών. Αυτή η διδακτορική διατριβή περιγράφει μια δομική-βιοπληροφορική προσέγγιση προκειμένου να βρεθούν υποψήφιες πρωτεΐνες και συγκεκριμένες μεταλλάξεις που μπορεί να συνδέονται με την παθογένεια και την εξέλιξη πολυπαραγοντικών διαταραχών, όπως η Νόσος Αλτσχάιμερ. Για την αξιολόγηση της επίδρασης των μεταλλάξεων, οι πρωτοταγείς δομές και οι σχετικές μεταλλάξεις ανακτήθηκαν από δημόσιες βάσεις δεδομένων. Κάθε δομή προβλέφθηκε με βάση αποτελεσματικές μεθοδολογίες πρόβλεψης δομής. Πραγματοποιήθηκε συγκριτική αξιολόγηση των δομικών εργαλείων πρόβλεψης. Πραγματοποιήθηκε συγκριτική ανάλυση μεταλλαγμένων και μη μεταλλαγμένων πρωτεϊνών με βάση τις κλασικές μεθόδους βιοπληροφορικής (TM-Score, RMSD, κ.λπ.) καθώς και καθιερωμένων προγραμμάτων περιγραφής που βασίζονται σε σχήματα που ανακτήθηκαν από μεθοδολογίες αναγνώρισης αντικειμένων. Στις δομές εφαρμόστηκαν μεθοδολογίες χωρίς επίβλεψη, προκειμένου να εντοπιστούν ομάδες μεταλλαγμένων πρωτεϊνικών δομών με παρόμοια επίδραση. Η μεθοδολογία που χρησιμοποιήθηκε ήταν πολύ αποτελεσματική και δημιούργησε με επιτυχία μια νέα διάσταση στη διαδικασία προσδιορισμού της παθογένειας. Αυτή η διδακτορική διατριβή χαρακτήρισε 110 μεταλλαγμένες δομές της PSEN1 ως παθογόνες για τη Νόσο Αλτσχάιμερ, καθώς επίσης και έξι ασαφείς δομές για την APP, εννέα για την PSEN2 και τέσσερις για την πρωτεΐνη MAPT.