Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής/φοιτήτρια που εγγράφεται στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στις «Ψηφιακές Εφαρμογές και την Καινοτομία» υποχρεούται στην καταβολή διδάκτρων για όλο το χρονικό διάστημα της υποχρεωτικής φοίτησής του/της.

Τα δίδακτρα για το Π.Μ.Σ. ανέρχονται στο ποσό των 3.000 ευρώ (με δυνατότητα απαλλαγής βάσει νομοθεσίας), ενώ υπάρχει πρόβλεψη για τμηματική καταβολή των διδάκτρων όπως ορίζεται στον Κανονισμό Λειτουργίας του Προγράμματος.

Η διαδικασία καταβολής των διδάκτρων για το ΠΜΣ γίνεται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού Έρευνας του Ιονίου Πανεπιστημίου. Τα δίδακτρα χρησιμοποιούνται από το ΠΜΣ για τις πάσης φύσης δαπάνες που απαιτούνται για την εκπαίδευση των φοιτητών και γενικά για τη λειτουργία του ΠΜΣ.