Βιοπληροφορική (Υ-ΒΥΝ) (ΜΙΝ-ΒΥΝ)

Το μάθημα εισάγει τους φοιτητές στις βασικές αρχές και μεθοδολογίες της Βιοπληροφορικής, με έμφαση στην ανάλυση και ερμηνεία βιολογικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας. Καλύπτονται έννοιες όπως η αναπαράσταση και αναζήτηση βιολογικής πληροφορίας, οι βιολογικές βάσεις δεδομένων, η ανάλυση αλληλουχιών DNA/RNA και πρωτεϊνών, αλγόριθμοι στοίχισης, η γονιδιακή έκφραση, η δομική βιοπληροφορική και οι πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις. Το μάθημα συνδυάζει θεωρητική γνώση με πρακτικές εφαρμογές δίνοντας ιδιαίτερη έμφαση στην κατανόηση υπολογιστικών εργαλείων και τεχνικών που χρησιμοποιούνται για τη μελέτη της γονιδιωματικής και της συστημικής βιολογίας. 

Το μάθημα στοχεύει στην εισαγωγή των φοιτητών στις βασικές έννοιες της Βιοπληροφορικής και στην εξοικείωση  με τους όρους: Βιολογική πληροφορία, βάσεις βιολογικών δεδομένων, προσδιορισμός αλληλουχιών DNA και RNA, αλγόριθμοι FASTA, BLAST, γονιδιακή έκφραση και λειτουργική γονιδιωματική, μεταγραφωμική, ιεραρχική ομαδοποίηση, χαρακτηριστικά ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων και χρωμοσωμάτων, φυλογενετικά δέντρα, βιολογία συστημάτων, επίπεδα μελέτης πρωτεϊνών, μοτίβα πρωτεϊνών, ταξινόμηση πρωτεϊνικών αναδιπλώσεων, μοντελοποίηση βάσει ομολογίας, μεταβολικά μονοπάτια, πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, οπτικοποίηση και ομαδοποίηση μονοπατιών.

Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, Βιολογικές βάσεις δεδομένων, Πρόσβαση σε δεδομένα βιολογικών αλληλουχιών, Πρόσβαση σε σύνολα δεδομένων μεγάλης κλίμακας, Συγκεντρωτικές πηγές δεδομένων: NCBI, EBI, Ensebml, Γονιδιακή έκφραση, Περιηγητές γονιδιωμάτων, Αλγόριθμοι στη Βιοπληροφορική, Αλγόριθμοι στοίχισης αλληλουχιών (ολική στοίχιση, τοπική στοίχιση), Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού, Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών, Φυλογενετικά δέντρα, Συγκριτική γονιδιωματική, Μέθοδοι εύρεσης ομοιοτήτων σε αλληλουχίες, Αλληλούχιση επόμενης γενιάς, Δομική Βιοπληροφορική, Οντολογίες και ανάλυση εμπλουτισμού, Οργάνωση και ανάλυση πρωτεϊνών, Βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών, Ταξινόμηση πρωτεϊνικών δομών, Αλγόριθμοι αναδίπλωσης πρωτεϊνών, Ρυθμιστικά δίκτυα.

• Βιοπληροφορική & Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner, ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ Ι. ΜΠΑΣΔΡΑ & ΣΙΑ Ο.Ε, ISBN: 9786185135171, 2019
• Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, ARTHUR M. LESK, UTOPIA ΕΚΔΟΣΕΙΣ Μ. ΕΠΕ., ISBN: 9786185173616, 2021

Τρόπος Παράδοσης: Πρόσωπο με πρόσωπο (αίθουσα διδασκαλίας)

Υποστήριξη εκπαιδευτικής διαδικασίας μέσω της ηλεκτρονικής πλατφόρμας e-class. Χρήση Τ.Π.Ε. στη διδασκαλία, στην εκπαίδευση και στην επικοινωνία.

• Γραπτή τελική εξέταση στα αντικείμενα του μαθήματος
• Εκπόνηση εργασίας στα αντικείμενα του μαθήματος