Βιοπληροφορική

Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, Βιολογικές βάσεις δεδομένων, Αλγόριθμοι στοίχισης αλληλουχιών, Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών, Αλληλούχηση επόμενης γενιάς, Δομική Βιοπληροφορική, Οργάνωση και ανάλυση πρωτεϊνών, Ταξινόμηση πρωτεϊνικών δομών, Ρυθμιστικά δίκτυα 

Η ύλη του μαθήματος στοχεύει στην εισαγωγή των φοιτητών στις βασικές έννοιες της Βιοπληροφορικής και στην εξοικείωση  με τους όρους: Βιολογική πληροφορία, βάσεις βιολογικών δεδομένων, προσδιορισμός αλληλουχιών DNA και RNA, αλγόριθμοι FASTA, BLAST, γονιδιακή έκφραση και λειτουργική γονιδιωματική, μεταγραφωμική, ιεραρχική ομαδοποίηση, χαρακτηριστικά ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων και χρωμοσωμάτων, φυλογενετικά δέντρα, βιολογία συστημάτων, επίπεδα μελέτης πρωτεϊνών, μοτίβα πρωτεϊνών, ταξινόμηση πρωτεϊνικών αναδιπλώσεων, μοντελοποίηση βάσει ομολογίας, μεταβολικά μονοπάτια, πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, οπτικοποίηση και ομαδοποίηση μονοπατιών.

Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος ο φοιτητής/τρια θα είναι σε θέση:

• Να αξιοποιεί μεθοδολογίες και εργαλεία αναζήτησης σε κατάλληλες βάσεις δεδομένων και να έχει πρόσβαση σε δεδομένα βιολογικών αλληλουχιών 
• Να αναγνωρίζει, αξιολογεί και επεξεργάζεται αρχεία βιολογικών δεδομένων μεγάλου όγκου (GenBank, Uniprot, PDB)
• Να έχει κατανοήσει τις βασικές τεχνικές στοίχισης αλληλουχιών κατά ζεύγη και συγκριτικής αξιολόγησης των αλγορίθμων πολλαπλής στοίχισης αλληλουχιών
• Να επιλύει προβλήματα οπτικοποίησης δεδομένων αλληλούχησης επόμενης γενιάς
• Να μπορεί να αποθηκεύει δεδομένα σε αποθετήρια, πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων
• Να αξιολογεί τη δυναμική και τη σταθερότητα ρυθμιστικών δικτύων, δικτύων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, μεταβολικών δικτύων
• Να ερμηνεύει την τρισδιάστατη δομή μακρομορίων
• Να επιλύει προβλήματα οργάνωσης και ταξινόμησης πρωτεϊνικών αναδιπλώσεων

• Βιοπληροφορική & Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner, ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ Ι. ΜΠΑΣΔΡΑ & ΣΙΑ Ο.Ε, ISBN: 9786185135171, 2019
• Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, ARTHUR M. LESK, UTOPIA ΕΚΔΟΣΕΙΣ Μ. ΕΠΕ., ISBN: 9786185173616, 2021