Βιοπληροφορική


Διδάσκων/ουσα: Βλάμος Παναγιώτης, Κροκίδης Μάριος
Κωδικός Μαθήματος: HY-715
Τύπος Μαθήματος: Μάθημα Επιλογής
Επίπεδο Μαθήματος: Προπτυχιακό
Γλώσσα Μαθήματος: Ελληνικά
Εξάμηνο: ΣΤ΄
ECTS: 4
Διδακτικές Μονάδες: 4
Ώρες Διάλεξης: 4
Σύνολο Ωρών: 4
Σύντομη Περιγραφή:

Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, Βιολογικές βάσεις δεδομένων, Αλγόριθμοι στοίχισης αλληλουχιών, Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών, Αλληλούχηση επόμενης γενιάς, Δομική Βιοπληροφορική, Οργάνωση και ανάλυση πρωτεϊνών, Ταξινόμηση πρωτεϊνικών δομών, Ρυθμιστικά δίκτυα 

Αντικειμενικοί Στόχοι - Επιδιωκόμενα Μαθησιακά Αποτελέσματα:

Η ύλη του μαθήματος στοχεύει στην εισαγωγή των φοιτητών στις βασικές έννοιες της Βιοπληροφορικής και στην εξοικείωση  με τους όρους: Βιολογική πληροφορία, βάσεις βιολογικών δεδομένων, προσδιορισμός αλληλουχιών DNA και RNA, αλγόριθμοι FASTA, BLAST, γονιδιακή έκφραση και λειτουργική γονιδιωματική, μεταγραφωμική, ιεραρχική ομαδοποίηση, χαρακτηριστικά ευκαρυωτικών γονιδιωμάτων και χρωμοσωμάτων, φυλογενετικά δέντρα, βιολογία συστημάτων, επίπεδα μελέτης πρωτεϊνών, μοτίβα πρωτεϊνών, ταξινόμηση πρωτεϊνικών αναδιπλώσεων, μοντελοποίηση βάσει ομολογίας, μεταβολικά μονοπάτια, πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, οπτικοποίηση και ομαδοποίηση μονοπατιών.

Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος ο φοιτητής/τρια θα είναι σε θέση:

  • Να αξιοποιεί μεθοδολογίες και εργαλεία αναζήτησης σε κατάλληλες βάσεις δεδομένων και να έχει πρόσβαση σε δεδομένα βιολογικών αλληλουχιών 
  • Να αναγνωρίζει, αξιολογεί και επεξεργάζεται αρχεία βιολογικών δεδομένων μεγάλου όγκου (GenBank, Uniprot, PDB)
  • Να έχει κατανοήσει τις βασικές τεχνικές στοίχισης αλληλουχιών κατά ζεύγη και συγκριτικής αξιολόγησης των αλγορίθμων πολλαπλής στοίχισης αλληλουχιών
  • Να επιλύει προβλήματα οπτικοποίησης δεδομένων αλληλούχησης επόμενης γενιάς
  • Να μπορεί να αποθηκεύει δεδομένα σε αποθετήρια, πρωτεϊνικές βάσεις δεδομένων
  • Να αξιολογεί τη δυναμική και τη σταθερότητα ρυθμιστικών δικτύων, δικτύων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, μεταβολικών δικτύων
  • Να ερμηνεύει την τρισδιάστατη δομή μακρομορίων
  • Να επιλύει προβλήματα οργάνωσης και ταξινόμησης πρωτεϊνικών αναδιπλώσεων
Συνιστώμενη βιβλιογραφία προς μελέτη:
  • Βιοπληροφορική & Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner, ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ Ι. ΜΠΑΣΔΡΑ & ΣΙΑ Ο.Ε, ISBN: 9786185135171, 2019
  • Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική, ARTHUR M. LESK, UTOPIA ΕΚΔΟΣΕΙΣ Μ. ΕΠΕ., ISBN: 9786185173616, 2021

Επιστροφή

Σπουδές

Κτίριο Γραμματειών (Κτίριο 3) Πλατεία Τσιριγώτη 7 (πρώην Πλατεία Παλιού Ψυχιατρείου) Κέρκυρα, 49100 τηλ:26610 87760 / 87761 / 87763
e-mail: cs@ionio.gr
certification
<< <
Απρίλιος 2024
> >>
Δε Τρ Τε Πε Πα Σα Κυ
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Σήμερα, Τετάρτη 17-04-2024
Δεν βρέθηκαν εγγραφές για αυτήν την ημέρα
Ανάγνωση ΚειμένουΑνάγνωση Κειμένου Αναγνωσιμότητα ΚειμένουΑναγνωσιμότητα Κειμένου Αντίθεση ΧρωμάτωνΑντίθεση Χρωμάτων
Επιλογές Προσβασιμότητας