Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής/τρια που εγγράφεται στο Π.Μ.Σ. υποχρεούται στην καταβολή διδάκτρων για όλο το χρονικό διάστημα της υποχρεωτικής φοίτησής του/της. Τα δίδακτρα για το Π.Μ.Σ. ανέρχονται στο ποσό των 3.000 ευρώ.
Η διαδικασία καταβολής των διδάκτρων για το Π.Μ.Σ. γίνεται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού Έρευνας του Ιονίου Πανεπιστημίου. Τα δίδακτρα χρησιμοποιούνται από το Π.Μ.Σ. για τις πάσης φύσης δαπάνες που απαιτούνται για την εκπαίδευση των φοιτητών και γενικά για τη λειτουργία του Π.Μ.Σ. Οποιαδήποτε δαπάνη πραγματοποιείται ύστερα από έγκριση της Σ.Ε.
Με απόφαση της Συντονιστικής Επιτροπής, και αποδοχή της Συνέλευσης του Τμήματος Πληροφορικής, μπορεί να γίνεται αναπροσαρμογή των διδάκτρων του Π.Μ.Σ.
Με αποφάσεις της Σ.Ε. και αποδοχή της Συνέλευσης του Τμήματος Πληροφορικής, έπειτα από εισήγηση του Διευθυντή του Π.Μ.Σ., ρυθμίζονται περιπτώσεις μη καταβολής διδάκτρων.
Σε περίπτωση οριστικής αποχώρησης ή διαγραφής φοιτητή από το Π.Μ.Σ. δεν επιστρέφονται τα καταβληθέντα τέλη φοίτησης.
Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές δικαιούνται τις παροχές που προβλέπει το ισχύον νομοθετικό πλαίσιο.