Για κάθε μεταπτυχιακό φοιτητή ορίζεται από τη Συνέλευση του Τμήματος τριμελής επιτροπή για την εξέταση του ατομικού του έργου (capstone project). Η τριμελής επιτροπή απαρτίζεται από τον Επόπτη και δύο άλλα μέλη, τα οποία μπορεί να είναι μέλη Δ.Ε.Π. ή Ε.Π. ή ερευνητές βαθμίδας Α, Β ή Γ, οι οποίοι είναι κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος.. Αλλαγή των μελών της επιτροπής μπορεί να γίνει με αίτηση του φοιτητή στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ., για την οποία αποφασίζει η Συνέλευση του Τμήματος. Ειδικότερα για την αλλαγή επόπτη, αυτή μπορεί να πραγματοποιηθεί μόνο μια φορά με αιτιολογημένη αίτηση του φοιτητή στη Συνέλευση του Τμήματος. Το ίδιο ισχύει και για αλλαγή γνωστικού αντικειμένου του ατομικού έργου.
Ο Επόπτης πρέπει να είναι και διδάσκων στο Π.Μ.Σ.-Μ.Δ.Ε. του Τμήματος με ερευνητικά ενδιαφέροντα συναφή με το θέμα του ατομικού έργου. Ο Επόπτης είναι υπεύθυνος για την επίβλεψη και καθοδήγηση του ατομικού έργου του φοιτητή. Παρακολουθεί συνεχώς την πορεία της εργασίας του, και υποστηρίζει την ερευνητική ή αναπτυξιακή του προσπάθεια με την υπόδειξη συγκεκριμένων κατευθύνσεων. Ο κάθε Επόπτης μπορεί να εποπτεύει συνολικά μέχρι πέντε (5) ατομικά έργα. Το ατομικό έργο εξετάζεται από την τριμελή εξεταστική επιτροπή.
Μετά από αίτηση του μεταπτυχιακού φοιτητή, στην οποία αναφέρεται η επιθυμητή γνωστική περιοχή και ο Επόπτης του ατομικού του έργου, η Σ.Ε. εισηγείται σχετικά στη Συνέλευση, η οποία και ορίζει τον Επόπτη του. Η αίτηση του μεταπτυχιακού φοιτητή πρέπει να γίνει το αργότερο μέχρι τo τέλος του 1ου μήνα του 3ου εξαμήνου σπουδών του μεταπτυχιακού φοιτητή και εξετάζεται από την επόμενη Συνέλευση. Η Συνέλευση διατηρεί το δικαίωμα να επιλέξει άλλο πρόσωπο ως Επόπτη και ως μέλη της τριμελούς επιτροπής. Εάν δεν υπάρξει μέχρι τότε αίτηση του μεταπτυχιακού φοιτητή προς τη Σ.Ε., τότε αυτή είναι αρμόδια αυτεπαγγέλτως να εισηγηθεί και η Συνέλευση να ορίσει Επόπτη.
Η γραπτή αναφορά και οποιοδήποτε άλλο παραδοτέο του ατομικού έργου κατατίθενται το αργότερο στο τέλος του δεύτερου εξαμήνου στην τριμελή εξεταστική επιτροπή. Ειδικότερα, δύο βδομάδες πριν την εξέταση αποστέλλεται στα μέλη της τριμελούς εξεταστικής επιτροπής σε ηλεκτρονική μορφή η τρέχουσα έκδοση και μία εβδομάδα πριν την εξέταση σε έντυπη μορφή η οποία είναι και η τελική προς εξέταση έκδοση. Εάν η εργασία δεν έχει ολοκληρωθεί ο μεταπτυχιακός φοιτητής οφείλει να ζητήσει παράταση από τη Συνέλευση, με βάση το άρθρο 15 του παρόντος. Η παρουσίαση/εξέταση του ατομικού έργου γίνεται σε ημερομηνία και ώρα που ορίζεται από τον Επόπτη εφόσον δεν έχει αποφασίσει διαφορετικά η Συνέλευση και ανακοινώνεται στα λοιπά μέλη της τριμελούς επιτροπής και στον πίνακα ανακοινώσεων του τμήματος. Μετά το πέρας της δημόσιας παρουσίασης/εξέτασης του ατομικού έργου, η εξεταστική επιτροπή το αξιολογεί και το βαθμολογεί. Συντάσσεται πρακτικό της εξέτασης, το οποίο υπογράφεται από τα μέλη της τριμελούς επιτροπής.
Αν το ατομικό έργο εγκριθεί, αλλά έχουν γίνει σχετικές παρατηρήσεις και υποδείξεις, ο μεταπτυχιακός φοιτητής είναι υποχρεωμένος να τις λάβει υπόψη, να προβεί στις απαραίτητες τροποποιήσεις και βελτιώσεις μέσα στο διάστημα που θα του υποδειχθεί και να καταθέσει την τελική μορφή του στον Επόπτη. Ανάλογα με τη μορφή και την έκταση των τροποποιήσεων ή βελτιώσεων, τα μέλη της επιτροπής μπορούν να ζητήσουν νέα αξιολόγηση του κειμένου του ατομικού έργου ή να εξουσιοδοτήσουν τον Επόπτη να δώσει την τελική έγκριση. Μετά τον τελικό έλεγχο της εργασίας, ο Επόπτης καταθέτει το σχετικό πρακτικό εξέτασης στη γραμματεία του Π.Μ.Σ. Ο υποψήφιος υποχρεούται να καταθέσει το ατομικό του έργο σε έντυπη και ηλεκτρονική μορφή στη Βιβλιοθήκη του Τμήματος.
Αν το ατομικό έργο δεν εγκριθεί, ο μεταπτυχιακός φοιτητής έχει τη δυνατότητα να επιλέξει άλλο θέμα, προκειμένου να εκπονήσει νέα εργασία. Η δυνατότητα αυτή παρέχεται για μία και μόνη φορά.
Η παραδοτέα αναφορά του ατομικού έργου είναι εκτυπωμένη σε χαρτί Α4. Η τυπωμένη επιφάνεια κάθε σελίδας περιλαμβάνει περίπου 500 λέξεις ή 3000 χαρακτήρες.. Ενδεικτικά η δομή του έχει ως εξής:
- λευκή σελίδα,
- σελίδα τίτλου,
- πρόλογος,
- εισαγωγή,
- κύριο σώμα,
- συμπεράσματα,
- παράρτημα (μη υποχρεωτικό),
- βιβλιογραφία,
- ευρετήρια (μη υποχρεωτικό),
- περιεχόμενα,
- λευκή σελίδα.
Το κείμενο του ατομικού έργου παραδίδεται στην τελική του μορφή, υποχρεωτικά, σε ηλεκτρονική μορφή (αρχείο Η/Υ) τόσο πηγαίου χαρακτήρα (π.χ., word document, latex files) όσο και τελικής μορφής (π.χ., pdf ή ps αρχείο) καθώς και το όποιο λογισμικό αναπτύχθηκε σε πηγαίο κώδικα. Το μέγεθος σε σελίδες επαφίεται στον Επόπτη καθηγητή κάθε εργασίας ανάλογα με την περίπτωση με τελική ευθύνη της τριμελούς επιτροπής.